Johnson se narodil v Hazlehurstu v Mississippi, pravděpodobně 8. května 1911, Julii Major Doddsové (narozena v říjnu 1874) a Noahu Johnsonovi (narozen v prosinci 1884). Julia byla vdaná za Charlese Doddse (narozený v únoru 1865), relativně prosperujícího vlastníka půdy a výrobce nábytku, se kterým měla deset dětí. Charles Dodds byl donucen po lynčování davem opustit Hazlehurst po sporu s bílými vlastníky půdy. Julia opustila s dítětem Hazlehurst, ale za necelé dva roky přivedla chlapce do Memphisu, aby žila se svým manželem, který si změnil jméno na Charles Spencer. Robert strávil následujících 8–9 let v Memphisu a navštěvoval školu Carnes Avenue pro barevné, kde absolvoval lekce aritmetiky, čtení, jazyka, hudby, zeměpisu a tělesných cvičení. Právě v Memphisu získal svou lásku k blues a populární hudbě a také znalosti o nich. Jeho vzdělání a městsý původ ho odlišovaly od většiny jeho současných bluesových hudebníků.

Robert se ke své matce připojil kolem roku 1919/20 poté, co se provdala za negramotného vlastníka půdy jménem Will "Dusty" Willis. Původně se usadili na plantáži v Lucas Township v okrese Crittenden v Arkansasu, ale brzy se přesunuli přes řeku Mississippi do obchodu v deltě Mississippi poblíž Tunice a Robinsonville. Žili na plantáži Abbay & Leatherman. Juliin nový manžel byl o 24 let mladší. Někteří obyvatelé si Roberta pamatovali jako „malého Roberta Dustyho“, ale v Tunica's Indian Creek School byl zaregistrován jako Robert Spencer. Při sčítání lidu z roku 1920 je uveden jako Robert Spencer žijící v Lucase v Arkansasu s Willem a Julií Willisovými. Robert byl ve škole v letech 1924 až 1927. Kvalita jeho podpisu na oddacím listu naznačuje, že byl pro chlapce s jeho původem relativně dobře vzdělaný. Kamarád ze školy, Willie Coffee, s nímž byl později natočen rozhovor, připomněl, že už v mládí byl Robert známý pro hraní na harmoniku a brumle. Coffee podotknul, že Robert byl dlouho nepřítomný, což naznačuje, že mohl žít a studovat v Memphisu.

Jakmile Julia informovala Roberta o svém biologickém otci, Robert přijal příjmení Johnson a použil ho na potvrzení o sňatku se šestnáctiletou Virginií Travisovou v únoru 1929. Ta krátce poté zemřela při porodu. Přeživší příbuzní Virginie řekli bluesovému výzkumníkovi Robertu „Mackovi“ McCormickovi, že to byl božský trest za Robertovo rozhodnutí zpívat světské písně známé frází „prodat svou duši ďáblu“. McCormick věřil, že Johnson sám přijal tuto frázi jako popis svého odhodlání opustit ustálený život manžela a farmáře, a stát se bluesovým hudebníkem na plný úvazek. Zhruba v tom čase se do Robinsonville, kde žil jeho hudební partner Willie Brown, přestěhoval bluesový hudebník Son House. Později v životě si House pamatoval Johnsona jako „malého chlapce“, který byl dobrým hráčem na foukací harmoniku, ale trapně špatným kytaristou. Brzy poté Johnson odešel z Robinsonville do oblasti kolem Martinsville, poblíž jeho rodiště, aby případně zkusil vyhledat svého přirozeného otce. Zde zdokonalil Househo kytarový styl a další styly se naučil od Isaiah „Ike“ Zimmermana. Říkalo se, že Zimmerman se nadpřirozeně naučil hrát na kytaru při návštěvě hřbitovů o půlnoci. Když se Johnson později objevil v Robinsonville, zdálo se, že zázračně získal kytarovou techniku. House byl dotazován v době, kdy legenda o Johnsonově paktu s ďáblem byla mezi bluesovými vědci dobře známá. Byl dotázán, zda tomuto paktu přisuzuje Johnsonovu techniku, a jeho dvojznačné odpovědi byly brány jako potvrzení. Zatímco žil v Martinsville, zplodil Johnson dítě s Vergie Mae Smithovou. V květnu 1931 se pak oženil s Calettou Craftovou. V roce 1932 se na nějaký čas usadil v Clarksdale v Deltě Mississippi, ale brzy se rozhodl pro kariéru potulného hudebníka. Caletta zemřela počátkem roku 1933.

Od roku 1932 až do své smrti v roce 1938 se Johnson většinou pohyboval mezi městy Memphis a Helena a dalšími menšími městečky delty Mississippi a sousedních regionů Mississippi a Arkansasu. Někdy ale cestoval i mnohem dál. Bluesový hudebník Johnny Shines ho doprovázel do Chicaga, Texasu, New Yorku, Kanady, Kentucky a Indiany. Henry Townsend s ním sdílel hudební angažmá v St. Louis. Na mnoha místech pobýval u členů své velké početné rodiny nebo u přítelkyň. Už se znovu neoženil, ale navázal dlouhodobé vztahy se ženami, ke kterým se pravidelně vracel. Na jiných místech zůstal u jakékoli ženy, kterou dokázal svést při své produkci. Na každém z těch míst Johnsonovi hostitelé z velké části nevěděli o jeho životě jinde. Na různých místech používal různá jména a používal nejméně osm odlišných příjmení.

Životopisci hledali odpovědi u hudebníků, kteří znali Johnsona v různých kontextech: Shines s ním hodně cestoval; Robert Lockwood Jr. ho znal jako partnera své matky; David „Honeyboy“ Edwards ho znal přes svého bratrance Willie Mae Powella, který byl Johnsonovým přítelem. Z množství dílčích, protichůdných a nesouvislých zpráv očitých svědků se životopisci pokusili shrnout Johnsonův charakter. „Byl dobře vychovaný, mluvil jemně, ale byl nečitelný. Zdá se, že všichni souhlasili s tím, že i když byl příjemný a vystupoval na veřejnosti, v soukromí byl zdrženlivý a rád šel svou vlastní cestou.“ Hudebníci, kteří Johnsona znali mluvilii o tom, že to byl milý člověk a vcelku průměrný - samozřejmě kromě jeho hudebního talentu, slabosti pro whisky a ženy a jeho oddanosti cestování. Když Johnson přijel do nového města, hrál na rozích ulic nebo před místním holičstvím nebo restaurací. Hudební spolupracovníci říkali, že Johnson na živých vystoupeních tolik nezaměřoval na své temné a složité originální skladby, ale naopak potěšil publikum hraním známějších popových skladeb a nemuselo to být nutně blues. Se schopností zachytit melodie na první poslech neměl problém dát svým divákům to, co chtěli, a někteří jeho současníci později mluvili o jeho zájmu o jazz a country. Měl také zvláštní schopnost vytvořit vztah se svým publikem; v každém městě, ve kterém se zastavil, si vytvořil vazby na místní komunitu, které mu dobře posloužily, když tudy o měsíc nebo rok později znovu projížděl.

Shinesovi bylo 20, když se v roce 1936 s Johnsonem setkal. Odhadoval, že Johnson je možná o rok starší než on (Johnson byl ve skutečnosti o 4 roky starší). Shines popisoval Johnsona: "Robert byl velmi přátelský člověk, i když byl občas mrzutý, víte. Nějakou dobu jsem se kolem Roberta motal. Jednoho večera zmizel. Byl to trochu zvláštní člověk. Robertse postavil, hrál na nějakém místě a hrál jako nikdo. Byl to shon a taky potěšení. A peníze přicházely ze všech směrů. Ale Robert se jen zvedl a odešel a nechal vás tam hrát. A pak jsi ho dva nebo tři týdny neviděl. ... Takže jsme s Robertem začali jezdit. Vlastně jsem byl jen přívěsek."

Během této doby Johnson navázal relativně dlouhodobý vztah s Estellou Colemanovou, o 15 let starší ženou a matkou bluesového hudebníka Roberta Lockwooda Juniora. Johnson měl údajně ženu, která se o něj starala v každém městě, ve kterém hrál. Údajně se domácích mladých žen žijících na venkově se svými rodinami zeptal, zda s nimi může jít domů, a ve většině případů byl přijat, dokud nepřijel jejich přítel nebo nebyl připraven vyrazit dál. V roce 1941 se Alan Lomax od Muddy Watersové dozvěděl, že Johnson vystupoval v oblasti kolem Clarksdale v Mississippi. V roce 1959 mohl historik Samuel Charters dodat jen to, že Will Shade z Memphis Jug Band si vzpomněl, že Johnson s ním jednou krátce hrál ve West Memphis v Arkansasu. Předpokládá se, že v posledním roce svého života Johnson cestoval do St. Louis, Chicaga, Detroitu a New York City. V roce 1938 producent společnosti Columbia Records John H. Hammond, který vlastnil některé z Johnsonových nahrávek, nařídil hudebnímu producentovi Donu Lawovi, aby vyhledal Johnsona, a domluvil s ním první koncert „From Spirituals to Swing“ v Carnegie Hall v New Yorku. Když se Hammond dozvěděl o Johnsonově smrti, nahradil jej Big Billem Broonzym a ten z pódia zahrál dvě Johnsonovy skladby.

Kolem roku 1936 vyhledal Johnson v Jacksonu v Mississippi H. C. Speira, který provozoval obchod se smíšeným zbožím a také působil jako vyhledávač talentů. Speir seznámil Johnsona s e zástupcem ARC Erniem Oertlem, který ho představil Donu Lawovi, aby si s ním domluvil svou první návštěvu ve studiu v San Antoniu v Texasu. Natáčení se konalo ve dnech 23. – 25. Listopadu 1936 v místnosti 414 hotelu Gunter v San Antoniu, kterou si společnost Brunswick Records zřídila jako dočasné nahrávací studio. V následující třídenní relaci Johnson nahrál 16 skladeb, většinu z nich v několika verzích. Údajně hrál čelem ke zdi, což bylo uváděno jako důkaz, že to byl plachý a rezervovaný umělec. To bylo zdůrazněno i v nepřesných poznámkách k nahrávce alba King of the Delta Blues Singers z roku 1961. Slide kytarista Ry Cooder spekuloval, že Johnson hrál čelem k rohu proto, aby vylepšil zvuk kytary, což je technika, kterou nazval „corner loading“. Tato myšlenka ale byla důkladně zkoumána a neexistují žádné důkazy o tom, že by Johnson někdy hrál čelem do rohu. Tato mylná představa vznikla nesprávným pochopením původních poznámek z natáčení a z poznámek k nahrávání od Franka Driggsa pro první Johnsonovu reedici.

Mezi písněmi, které Johnson zaznamenal v San Antoniu, byly také „Come On in My Kitchen“, „Kind Hearted Woman Blues“, „I Believe'll Dust My Broom“ a „Cross Road Blues“. Jako první vyšly „Terraplane Blues“ a „Last Fair Deal Gone Down“, pravděpodobně jediné jeho nahrávky, jejichž vydání se za svého života dočkal. Skladba „Terraplane Blues“ se stala mírným regionálním hitem a prodalo se jí zhruba 5 000 kopií. Jeho první nahraná píseň „Kind Hearted Woman Blues“ byla součástí cyklu písní od Leroy Carra „Mean Mistreater Mama“ (1934) a podle Elijaha Walda z nich byla hudebně nejsložitější a na rozdíl od většiny venkovských blues působila spíše jako důkladně zkomponovaná lyrika, než jako libovolná sbírka více či méně nesouvisejících veršů. Většina Johnsonových „pochmurných a introspektivních“ skladeb pochází z jeho druhé nahrávací relace. Johnson odcestoval s Donem Lawem do Dallasu v Texasu na další nahrávací relaci v provizorním studiu v budově Vitagraph (Warner Bros.) na 508 Park Avenue, která proběhla ve dnech 19. – 20. Června 1937. Jedenáct nahrávek z této relace bylo vydáno během následujícího roku. Johnson v Dallasu nahrál téměř polovinu z 29 písní, které tvoří celou jeho diskografii.

Johnson zemřel 16. srpna 1938 ve věku 27 let poblíž Greenwoodu v Mississippi z neznámých příčin. Jeho smrt nebyla veřejně oznámena, pouze zmizel z historických záznamů a bylo to až o téměř 30 let později, když Gayle Dean Wardlow, muzikolog z Mississippi, který zkoumal Johnsonův život, našel jeho úmrtní list, který uváděl pouze datum a místo bez oficiální příčiny smrti. Nebyla provedena žádná pitva, protože u mrtvého černocha, který byl nalezen na okraji silnice poblíž farmy, byl provedeno pouze formální vyšetření, aby mohl být vystaven úmrtní list, a nebyla určena okamžitá příčina smrti. Je pravděpodobné, že měl vrozený syfilis, což mohl být faktor, který přispěl k jeho smrti. Avšak 30 letá místní legendyaa ústní tradice, stejně jako zbytek jeho životního příběhu, vybudovalo legendu, která vyplnila mezery v mizivém historickém záznamu.

Několik různých zpráv popisovalo události předcházející jeho smrti. Johnson hrál několik týdnů na country akcích ve městě vzdáleném asi 24 km od Greenwoodu. Podle jedné teorie byl Johnson zavražděn žárlivým manželem ženy, se kterou flirtoval. Na účet bluesového hudebníka Sonny Boy Williamsona Johnson flirtoval s vdanou ženou při tanci a ona mu dala láhev whisky otrávené jejím manželem. Když Johnson vzal láhev, Williamson mu ji srazil z ruky a nabádal ho, aby nikdy nepil z lahve, kterou osobně neotevřel. Johnson odpověděl: „Nikdy mi nevyrážej láhev z ruky.“ Brzy poté mu byla nabídnuta další (otrávená) láhev a on ji přijal. Johnson se údajně začal cítit špatně večer poté a v brzkých ranních hodinách potřeboval pomoc, aby se mohl vrátit do svého pokoje pokoje. Během následujících tří dnů se jeho stav neustále zhoršoval. Svědci uvedli, že zemřel v křečích se silnými bolestmi. Muzikolog Robert „Mack“ McCormick tvrdil, že vypátral muže, který Johnsona zavraždil, a že od něj v soukromém rozhovoru získal přiznání, ale odmítl jeho jméno odhalit.

Jako jed, který zabil Johnsona, byl navržen strychnin, ale nejméně jeden vědec tento názor zpochybnil. Tom Graves se ve své knize Crossroads: The Life and Afterlife of Blues Legend Robert Johnson opírá o odborné svědectví toxikologů, kteří tvrdí, že strychnin má tak výraznou vůni a chuť, že jej nelze ani v silném alkoholu necítit. Graves rovněž tvrdí, že by se muselo použít naráz použít značné množství strychninu a smrt jedem by nastala během několika hodin, ne dní. Bruce Conforth a Gayle Dean Wardlow ve své knize "Up Jumped the Devil" z roku 2019 naznačují, že jedem byl naftalínn z rozpuštěných molů. Jednalo se o „běžný způsob otravy lidí na venkově na jihu“, ale byl zřídkakdy smrtelný. Johnsonovi však byl diagnostikován vřed a varixy jícnu a jed byl dostatečný k tomu, aby způsobil krvácení. Zemřel po dvou dnech silných bolestí břicha, zvracení a krvácení z úst. Matrikářka kraje LeFlore, Cornelia Jordan, o několik let později, poté o provedla vyšetřování Johnsonovy smrti pro státního ředitele demografické statistiky R. N. Whitfielda, napsala na zadní stranu Johnsonova úmrtního listu vysvětlující poznámku: "Mluvila jsem s bělochem, na jehož pozemku tento černoch zemřel, a také jsem mluvil s místní černoškou. Majitel plantáže uvedl, že černoch, starý asi 26 let, přišel z Tunice dva nebo tři týdny před smrtí, aby hrál černochům na banjo při tanci, který se tam konal na plantáži. Zůstal v domě a někteří z černochů říkali, že chce sbírat bavlnu. Běloch neměl pro tohoto černocha lékaře, protože pro něj nepracoval. Byl pohřben podomácku dělané rakvi poskytnuté krajem. Majitel plantáže uvedl, že podle jeho názoru muž zemřel na syfilis. V roce 2006 navrhl lékař David Connell na základě fotografií zobrazujících Johnsonovy „nepřirozeně dlouhé prsty“ a „jedno špatné oko“, že Johnson mohl mít Marfanův syndrom, který mohl ovlivnit jeho hru na kytaru a přispět k jeho smrti v důsledku disekce aorty.

Podle legendy měl Johnson jako mladý muž žijící na plantáži na venkově Mississippi obrovskou touhu stát se skvělým bluesovým hudebníkem. Jedna z legend často říkala, že Johnson dostal pokyn, aby o půlnoci vzal kytaru na křižovatku poblíž Dockery Plantation (existují zprávy o nejméně tuctu dalších míst, kde se měla křižovatka nacházet). Tam ho potkal velký černoch (Ďábel), který vzal kytaru a naladil ji. Ďábel zahrál několik písní a poté vrátil kytaru Johnsonovi, čímž mu dal mistrovství v nástroji. Tento příběh dohody s Ďáblem na křižovatce je variací na legendu o Faustovi. Výměnou za svou duši dokázal Johnson vytvořit blues, díky kterému se proslavil. Tato legenda byla v průběhu času rozvinuta a byla zaznamenána Gayle Deanem Wardlowem, Edwardem Komarou a Elijahem Waldem, který si myslí, že z velké části pochází z doby, kdy Johnsona znovu objevili bílí fanoušci, což bylo více než dvě desetiletí po jeho smrti. Kytarista Son House jednou vyprávěl příběh Peteovi Weldingovi jako vysvětlení úžasně rychlého Johnsonova ovládnutí kytary. Welding příběh publikoval v hojně čteném seriozním článku v magazíně Down Beat v roce 1966. Jiným tazatelům se nepodařilo od House získat žádné potvrzení, navíc mezi prvním setkáním Housea s Johnsonem jako nováčkem a dalším setkáním, kdy byl už mistrem uběhly celé dva roky.

Další podrobnosti z nápaditých převyprávění příběhu přinesli Greil Marcus a Robert Palmer. Nejvýznamnější bylo přidání detailu, že Johnson dostal dar od velkého černocha na křižovatce. Existují spory o tom, jak a kdy byl detail křižovatky připojen k příběhu Roberta Johnsona. Všechny publikované důkazy, včetně celé kapitoly na toto téma v biografii Crossroads od Toma Gravese, naznačují původ příběhu u bluesového hudebníka Tommyho Johnsona. Příběh byl získán od jeho hudebního spolupracovníka Ishmana Braceyho a jeho staršího bratra Ledella v 60. letech. Jedna verze Ledellova příběhu byla publikována v životopise Tommy Johnsona od Davida Evanse z roku 1971 a v roce 1982 byla otištěna spolu s Houseovým příběhem ve známé publikaci Searching for Robert Johnson od Petera Guralnicka. V jiné verzi Ledell nemluvil o schůzce na křižovatce, ale na hřbitově. To se podobá příběhu Steva LaVereho, že Ike Zimmerman z Hazlehurstu v Mississippi se naučil hrát na kytaru o půlnoci, když seděl na náhrobcích. Předpokládá se, že Zimmerman ovlivnil hru mladého Johnsona.

Nedávný výzkum bluesového učence Bruce Confortha v časopise Living Blues příběh objasňuje. Johnson a Ike Zimmermanové v noci cvičili na hřbitově, protože zde bylo ticho a nikdo by je nevyrušoval, ale nebyl to Hazlehurstův hřbitov, jak se věřilo. Zimmerman nebyl z Hazlehurstu, ale z blízkého Beauregardu, a nepoužíval jenom jeden hřbitov, ale několik hřbitovů v této oblasti. Johnson strávil asi rok života učením se od Zimmermana, který nakonec doprovodil Johnsona zpět do Delty, aby se o něj postaral. Celá tato epizoda Johnsonova života je zdokumentována v oceněné biografii „Up Jumps the Devil: The Real Life of Robert Johnson“ od Bruce Confortha a Gayle Dean Wardlowa. Zatímco Dockery, Hazlehurst a Beauregard byly prohlášeny za místa mýtické křižovatky, existují také turistické atrakce prohlašující za „křižovatku“ místa jak v Clarksdale, tak v Memphisu. Obyvatelé Rosedale v Mississippi tvrdí, že Johnson prodal svou duši ďáblovi na křižovatce dálnic 1 a 8 v jejich městě, zatímco film Crossroads z roku 1986 byl natočen v Beulah ve státě Mississippi.

Někteří vědci tvrdí, že ďábel v těchto písních může odkazovat nejen na křesťanskou postavu Satana, ale také na podvodníka Legbu, boha afrického původu, který je spojován s křižovatkou. Folklorista Harry M. Hyatt napsal, že během svého výzkumu, který prováděl na jihu v letech 1935 až 1939, zjistil , že když Afroameričané narození v 19. nebo na počátku 20. století prohlásili, že oni nebo kdokoli jiný „prodal svou duši ďáblu na křižovatce“, mělo na mysli jiný význam. Hyatt tvrdil, že existují důkazy naznačující africké náboženské vazby na Legbu a uzavření „dohody“ (není to zaprodání duše ve stejném smyslu jako ve faustovské tradici) s takzvaným ďáblem na křižovatce. Blues a ti kdo ho zpívají mají zejména nad ženami opravdu zvláštní pravomoci. Říká se, že zpěvák Blues mohl vlastnit ženy a mít jakoukoli ženu, kterou chtěl. A tak, když se Robert Johnson poté, co opustil svou komunitu jako zjevně průměrný hudebník, vrátil s jasnou genialitou ve svém stylu kytary a textech, lidé říkali, že musel prodat svou duši ďáblu. A to zapadá do této staré africké asociace s křižovatkou, kde najdete moudrost: sestoupíte na křižovatku, abyste se učili a v jeho případě se učili díky faustovské smlouvě s ďáblem. Prodáte svou duši, abyste se stali největším hudebníkem v historii.

Tento názor, že ďábel v Johnsonových písních pochází z afrického božstva, zpochybnil bluesový vědec David Evans v eseji „Demythologizing the Blues“, publikované v roce 1999: "S tímto mýtem křižovatky je ... několik vážných problémů. Ďáblovy obrazy nalezené v blues jsou důkladně známé ze západního folklóru a bluesoví zpěváci se ve svých písních nikdy nezmínili o Legbovi nebo jiném africkém božstvu. Skutečná africká hudba spojená s kulty Legby a s podobnými podvodnými božstvi nezní jako blues, nýbrž obsahuje polyrytmické perkuse a sborový zpěv call-and-response. Muzikolog Alan Lomax mýtus zavrhl a prohlásil: „Ve skutečnosti byl každý bluesový houslista, hráč na banjo, foukací harmoniku nebo kytarista, podle názoru sebe i svých vrstevníků, dítětem ďábla, v důsledku černého pohledu na evropské taneční objetí, které bylo bráno jako extrémně hříšné“.