Éra dominance heavy metalu v severoamerickém mainstreamu skončila na počátku 90. let s nástupem Nirvany a dalších kapel hrajících grunge, které odstartovaly průlom alternativního rocku do hlavního proudu. Grungeové kapely byly ovlivněny zvukem heavy metalu, ale odmítaly výstřelky populárnějších metalových kapel, jako byla jejich 'okázalá a virtuózní sóla' a orientace na MTV.
Na vrchol popularity se grunge dostal v roce 1991, kdy vyšlo album skupiny Nirvana Nevermind. Úspěch alba Nevermind překvapil a přemohl hudební průmysl. Album nejen že zpopularizovalo grunge, ale nakonec potvrdilo kulturní a komerční životaschopnost alternativního rocku obecně. Michael Azerrad tvrdil, že Nevermind symbolizuje transformaci rockové hudby - dříve dominantní hair metal rychle ztrácí popularitu a ustupuje autentické a kulturně významné hudbě.
V té době však už byly zaběhlé i další skupiny, např. Soundgarden a Alice in Chains, které měly z grunge skupin k metalu jednoznačně nejblíž. Další významnou událostí bylo vydaní alba Ten skupiny Pearl Jam v srpnu 1991 (měsíc před Nevermind), i když jeho prodej se podstatně zvýšil až o rok později. Do druhé poloviny roku 1992 mělo Ten mezi posluchači hlavního proudu obrovský úspěch, získalo zlatou desku a dosáhl čísla 2 v žebříčcích Billboard. Od té doby se ve vlasti kapely prodalo více než 13 milionů kopií tohoto alba.
Po smrti zpěváka Nirvany Kurta Cobaina v roce 1994 začal žánr pohasínat, přestože se objevil styl zvaný post-grunge (např. američtí Foo Fighters, jejichž interpret Dave Grohl byl bubeníkem Nirvany, jihoafričtí Seether nebo britští Bush). Na druhou stranu grunge způsobil konec glam metalu, ovlivnil důležitou část alternativního rocku, který se popularizoval od 90. let, a zároveň pomohl oživit punk (alternativní scénu obecně).
Na počátku 90. let krátce dosáhl průlomového úspěchu thrash metal, který zpochybnil a nově definoval metalový mainstream. V roce 1992 debutovalo album Countdown to Extinction od Megadeth na druhém místě, Anthrax a Slayer pronikly do první desítky a alba regionálních (podle mainstreamu) kapel jako Testament a Sepultura se dostala do první stovky.
Glam metal tak upadl v nemilost nejen kvůli úspěchu grunge, ale také kvůli rostoucí popularitě agresivnějšího zvuku, který byl typický pro Metallicu a post-thrash groove metal skupin Pantera a White Zombie. V roce 1991 vydala skupina Metallica album Metallica, známé také jako The Black Album, které posunulo zvuk skupiny z žánru thrash metalu do standardního heavy metalu. Album získalo 16× platinovou desku. Několik nových, jednoznačně metalových kapel zaznamenalo v první polovině desetiletí komerční úspěch - album Far Beyond Driven skupiny Pantera se v roce 1994 dostalo na vrchol žebříčku Billboard, ale v tupých očích mainstreamu už byl metal mrtvý. Některé kapely se snažily přizpůsobit novému hudebnímu prostředí. Metallica změnila svou image: členové kapely si ostříhali vlasy a v roce 1996 byli headlinery alternativního hudebního festivalu Lollapalooza, který založil zpěvák skupiny Jane's Addiction Perry Farrell. To sice vyvolalo odpor některých dlouholetých fanoušků, ale Metallica zůstala jednou z nejúspěšnějších kapel na světě i v novém století.
Podobně jako Jane's Addiction spadá mnoho nejpopulárnějších skupin z počátku devadesátých let s kořeny v heavy metalu pod souhrnný termín alternativní metal. Kapely seattleské grungeové scény, jako Soundgarden, jimž se připisuje zásluha za vytvoření 'místa pro heavy metal v alternativním rocku', a Alice in Chains stály v centru alternativního metalového hnutí. Toto označení se používalo pro široké spektrum dalších kapel, které spojovaly metal s různými styly: Faith No More kombinovali svůj alternativní rockový zvuk s punkem, funkem, metalem a hip hopem; Primus spojili prvky funku, punku, thrash metalu a experimentální hudby; Tool míchali metal s progresivním rockem; kapely jako Fear Factory, Ministry a Nine Inch Nails začaly do svého industriálního zvuku včleňovat metal, respektive naopak; a Marilyn Manson se vydal podobnou cestou, přičemž využíval i šokové efekty zpopularizované Alice Cooperem. Alternativní metaloví umělci, ačkoli nepředstavovali soudržnou scénu, byli spojeni svou ochotou experimentovat s metalovým žánrem a odmítáním glam metalové estetiky (přičemž scéničnost Marilyna Mansona a White Zombie - rovněž ztotožňovaných s alt-metalem byla významnou, i když částečnou výjimkou). Směsice stylů a zvuků alternativního metalu představovala pestré výsledky toho, jak se metal otevřel vnějšímu světu.
V polovině a na konci devadesátých let přišla nová vlna amerických metalových skupin inspirovaná alternativními metalovými kapelami a jejich směsicí žánrů, označovaná jako nu metal. Kapely jako Slipknot, Linkin Park, Limp Bizkit, Papa Roach, P.O.D., Korn a Disturbed zahrnovaly prvky od death metalu až po hip hop, často včetně DJ a vokálů ve stylu rapu. Nu metal získal úspěch v hlavním proudu díky silné rotaci na MTV a uvedení na Ozzfestu Ozzy Osbournem v roce 1996, což vedlo média k tomu, že začala hovořit o obnově heavy metalu. V roce 1999 Billboard uvedl, že ve Spojených státech je více než 500 specializovaných metalových rozhlasových pořadů, což je téměř třikrát více než před deseti lety. Ačkoli byl nu metal široce populární, fanoušci tradičního metalu tento styl plně nepřijali. Počátkem roku 2003 popularita tohoto hnutí klesala, ačkoli několik nu metalových kapel, jako například Korn nebo Limp Bizkit, si udrželo značné příznivce.
Ačkoli black metalové kapely jako Sarcófago již dříve využívaly corpsepaint (líčení napodobující mrtvolu), v roce 1990 jej Mayhem začali nosit pravidelně. Tento vzhled si osvojilo i mnoho dalších blackmetalových kapel. Bathory inspirovali hnutí viking metalu a folk metalu a Immortal přinesli do popředí blast beaty. Některé kapely skandinávské blackmetalové scény začaly být na počátku 90. let spojovány se značným násilím, Mayhem a Burzum byli spojováni s vypalováním kostelů. Rostoucí komerční humbuk kolem death metalu vyvolal odpor; počínaje Norskem se velká část skandinávského metalového undergroundu přesunula k podpoře blackmetalové scény, která se bránila spojení s komerčním metalovým průmyslem. Do roku 1992 začaly vznikat blackmetalové scény i v oblastech mimo Skandinávii, včetně Německa, Francie a Polska. Vražda Euronyma z Mayhem, kterou v roce 1993 spáchal Varg Vikernes z Burzum, vyvolala intenzivní mediální pozornost. Kolem roku 1996, kdy mnozí členové scény měli pocit, že žánr stagnuje, se několik klíčových kapel, včetně Burzum a finských Beherit, přiklonilo k ambientnímu stylu, zatímco symfonický black metal zkoumali švédští Tiamat a švýcarští Samael. Na přelomu 90. let a dekády 2000 přiblížili black metal mainstreamu norští Dimmu Borgir, stejně jako britští Cradle of Filth.
Vydání debutového alba Forest of Equilibrium britské skupiny Cathedral v roce 1991 pomohlo zažehnout novou vlnu doom metalu. Ve stejném období dal styl fúze doom-death britských kapel Paradise Lost, My Dying Bride a Anathema vzniknout evropskému gotickému metalu s charakteristickými aranžemi se dvěma vokalisty, jehož příkladem jsou norské skupiny Theatre of Tragedy a Tristania. Newyorští Type O Negative představili americkou podobu tohoto stylu.
Počátkem 90. let se kalifornské skupiny Kyuss a Sleep, inspirované dřívějšími doom metalovými kapelami, postavily do čela stoner metalu, zatímco seattleští Earth pomohli rozvinout subžánr drone metalu. Koncem devadesátých let se zformovaly nové kapely, jako například losangeleští Goatsnake s klasickým stoner/doomovým zvukem a Sunn O))), kteří překračují hranice mezi doomem, drone a dark ambient metalem - New York Times přirovnaly jejich zvuk k 'indické ráze uprostřed zemětřesení' (Rágy jsou rozsáhlejší instrumentální či vokálně-instrumentální skladby meditačního charakteru s duchovním zaměřením. V sanskrtu slovo rága znamená stav mysli - rága tedy vyjadřuje určitou náladu.).
Největší změny s sebou přinesl samozřejmě rok 1990. Po listopadu 1989 veškerá omezení kladená metalu a rocku padla, každý si může hrát, zpívat a pojmenovávat se dle libosti. Přichází 'boom' jak u vzniku nových kapel, tak i ve vydávání alb starých známých skupin. Formace jako Citron, Törr, Motorband, Metalinda, Kern, Titanic, Kreyson a Assessor vydávají nová alba. Vychází také sampler Ultrametal (Debustrol, Kabát, Master's Hammer, Ferat, V.A.R., Moriorr). Začínají vznikat i nové metalové festivaly, jako například Metal Massacre v Litvínově nebo Metal maratón v Dobřanech u Plzně (tady na sebe poprvé upozornili progresivní thrasheři Sebastian z Letohradu).
Hned v prvním porevolučním roce vznikají skupiny Anachronic, Apostasy, Dark Gamballe, Krleš, Moral Insanity, Prosektura a na Slovensku Necrotos.
Na scénu nastupují extrémní hardcorové odnože jako je například grind core. První české kapely, které tento velmi svébytný styl začínají hrát, jsou například Director, Compulsory Cut, Derat a Czechcore S.R.K..
V průběhu 90. let je již běžné koncertování zahraničních kapel u nás. Situace dává vzniknout novým rockovým a metalovým klubům po celé zemi. Začíná narůstat i počet festivalů, kde vystupují jak domácí tak i zahraniční interpreti. Metalové publikum se dostává do nové doby, kdy je možné kupovat hudební nosiče světových kapel bez většího omezení. V roce 1991 začíná vycházet původní rockový a metalový magazín Spark, který se stal velmi populárním periodikem. Co se týče domácích kapel, vynořují se na světlo nové metalové stálice jako kapely Alkehol, Tortharry a crossoveroví Dark, později přejmenovaní na Dark Gamballe. Po jejich vzoru se začíná rodit další vlna českého crossoveru, tedy stylu, ve kterém se ostatní hudební styly kříží.
Kapela Alkehol vznikla ze členů thrashové formace Kryptor (kytaristé Ota Hereš a Petr “Kuna“ Buneš). Alkehol si kladli za cíl tvořit skladby s hospodskou tématikou a celkově tento projekt považovali za recesi. Je zajímavé, že se stali jednou z nejznámějších českých kapel, pravidelně hrajících na tuzemských festivalech a koncertech.
Naprosto jiným směrem se ubírá deathmetalová kapela Tortharry, která vzniká v roce 1991. Ve stejný rok nahrává i první demo Mezi nebem a peklem. Následují další demo nahrávky a o 3 roky později první album When the Memories are free. Celkově kapela vydala už 10 alb (k roku 2022) a koncertuje na předních hudebních akcích.
Dozvuky předešlých let ale ještě úplně nedozněly. V roce 1992 vychází práce muzikologů Ivana Poledňáka a Ivana Cafourka s názvem Sondy do popu a rocku, která se zabývá moderní populární hudbou a jejím komplexním hodnocením, které je především kritické. Celá jedna kapitola je věnována heavy metalu. Z textu je vidno, že autor tento hudební žánr velice odsuzuje a vyskytuje se zde neskrývaná kritika, jak metalových hudebníků, tak i metalových posluchačů. Zajímavé je například přirovnání heavy metalu k dechovce: „Jestliže pro předcházející generaci byly atributy ohavnosti fotbal-pivo-dechovka, pro soudného člověka osmdesátých let je to fotbal-pivo-heavy metal“. Dále Poledňák uvádí snadný a univerzální recept na vytvoření metalové skladby: dlouhý vlas, nekonečně nudné harmonie, primitivní aranžmá skladeb, jeden kytarový riff, exaltovaný zpěv frontmana, kastrátový jekot a přiléhavé kalhoty. Kritika graduje následovně: „Heavy metal je hudba,- k jejímuž poslechu – a nakonec ani k její výrobě – nepotřebujete vyšší IQ (…) Heavy metal je v principu hloupá a primitivní hudba, která má právě proto tolik stoupenců… Metalová scéna je naprosto netolerantní, vystačí si sama (…) Metal je svět sám pro sebe, uzavřená společnost. Metal není rock, protože je všechno jen ne revoluční. Metal je rigidní, přísný, strohý, vážný až smrtelně, nezná legraci, a jako takový není schopen nadhledu. Změní se někdy?“
Kritika veřejnosti však během 90. let stále více slábla a na rozdíl od našich polských sousedů a od roku 1993 také těch slovenských byla česká pozice na metalové scéně nesrovnatelně lepší. Fakt je takový, že extrémnější odnože metalu, jako například black metal, měly od počátku problém v silně katolicky orientovaných zemích. Zároveň v těchto státech blackmetalové kapely vznikaly hojně právě na protest vůči církvi. Takovou situaci můžeme sledovat právě například v Polsku, ale i na Slovensku. Není výjimkou, že se zde metalové koncerty zakazují a podléhají přísné kontrole.
(Luky z ostravských Nemesis: Někdy v roce 2014 – 2015 se na seznamu polských cenzorů ocitla i Nemesis a majitelé polských klubů nám psali, ať klidně přijedeme, ale právě pro ten který koncert si lehce změníme jméno, např. na Cursed Nemesis, Nemeseia apod. :-)
Avšak nejenom blackmetalové a deathmetalové kapely měly zelenou. V 90. letech se na naší scéně stále víc objevovaly kapely hrající crossover. Tento styl reprezentují především formace Endless a The.Switch. Můžeme hovořit o velké rozmanitosti metalových subžánrů. Kapely začínají využívat etno prvky a metal se inspiruje ve folklorní hudbě. Jak světové (především severské), tak české. Jednou z kapel, kterou lze považovat za hlavního představitele, je moravská formace Silent Stream of Godless Elegy založená v roce 1996. V hudbě propojují již zmíněné folklorní prvky s doom metalem a čistým ženským zpěvem. Tato kapela zaznamenala velký vzestup ihned po nahrání prvního alba Iron, měla možnost předskakovat celé řadě významných metalových kapel (Anathema, Cradle of Filth a dalším) a neustále patří ke špičce české metalové scény.
Rok 1996 s sebou přinesl vznik skupiny Six degrees of separation, která se ujala své tvorby velmi osobitě. Její melodický a progresivní metal si získal velkou základnu fanoušků doma i v zahraničí. Kapela dodnes vystupuje na předních metalových festivalech v ČR a má natočeno 7 alb.
Vznikají další kapely, ve kterých se za mikrofon postavily ženy. Například to jsou plzeňská symfo-metalová skupina Interitus, crossoverová formace ze Šumperka Dying Passion, či boskovická deathmetalová kapela Stigma, kde zpěvačka Alžběta Hejnová nezpívá čistě, ale představuje hutný growling v ženském podání.
V roce 1998 vznikají dvě velmi významné kapely, opět stylově směřující ke crossoveru, a to velmi úspěšná kapela X-Core a Škwor. Kapela X-core je spíše multi–žánrová, v její tvorbě se objevují prvky deathmetalové i hard-corové. Formace Škwor spadá spíše do odlišného žánrového proudu. Jejich styl by se dal popsat jako český crossover-rock s příchutí nu-metalu, často škatulkován i jako tvrdší pop. Kapela vydala celkem 11 řadových alb, které jsou často v české TOP 10 nejprodávanějších alb v ČR. Kapela koncertuje na předních rockových a metalových festivalech.
Na úplném sklonku let devadesátých se zformovala legendární deathmetalová skupina Hypnos.